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南京免疫沉淀实验原理

关键词：南京免疫沉淀实验原理免疫沉淀

2024.06.01

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RIP实验步骤通常包括：

1. 细胞收集与交联：培养细胞至适当密度。使用交联剂（如甲醛）进行交联，以固定蛋白质-RNA复合物。

2. 细胞裂解：收集细胞并进行裂解，释放RNA-蛋白质复合物。在裂解过程中添加蛋白酶抑制剂以防止蛋白质降解。

3. 超声处理：使用超声波破坏细胞，获得更小的染色质片段，这有助于后续步骤中抗体的接触。

4. 除去细胞碎片：通过离心去除细胞碎片和未裂解的细胞，收集含RNA-蛋白质复合物的上清液。

5. 免疫沉淀：将针对特定RNA结合蛋白（RBP）的抗体加入到上清液中。孵育一段时间，使抗体与目标蛋白充分结合。

6. 捕获免疫复合物：添加蛋白A或蛋白G结合的磁珠或琼脂糖珠。孵育使抗体-蛋白质-RNA复合物与珠子结合。

7. 洗涤：多次洗涤珠子以去除未特异性结合的蛋白质和RNA。

8. 洗脱与逆转交联：使用适当的缓冲液洗脱免疫复合物。使用蛋白酶K处理样品以逆转交联，释放RNA。

9. RNA提取与纯化：从免疫沉淀样品中提取RNA，并进行纯化。

10. RNA分析：使用qPCR、Northern blot、RNA-Seq等方法分析沉淀的RNA，以确定与目标蛋白相互作用的RNA种类。

免疫沉淀技术IP的优缺点是什么？南京免疫沉淀实验原理

Co-IP（免疫共沉淀）技术主要用于研究蛋白质之间的相互作用，其应用场景如下：

1. 蛋白质相互作用网络的鉴定：Co-IP可用于构建蛋白质相互作用网络，发现目标蛋白的结合伙伴。

2. 信号传导途径的研究：通过Co-IP技术，科学家们发现了许多关键的细胞信号通路，如MAPK和PI3K/Akt通路等，为深入理解这些通路的功能和调控机制提供了重要线索。

3. 药物靶点筛选：利用Co-IP技术，研究人员可以筛选潜在的药物靶点。

疾病机制研究：通过分析疾病相关蛋白质的相互作用，Co-IP有助于揭示疾病的分子机制。

4. 抗体药物开发：Co-IP可用于研究抗体药物与其靶标蛋白的结合特性，评估抗体药物的亲和力和特异性。

5. 转录因子研究：Co-IP技术可以用于研究转录因子与蛋白质的相互作用，进而揭示基因调控网络。

南京免疫沉淀实验原理免疫沉淀Co-IP技术选琼脂糖珠还是磁珠？

ChIP技术的应用：

1. 转录因子结合位点的鉴定：研究特定转录因子在基因组上的结合模式。

2. 组蛋白修饰的分布：分析不同组蛋白修饰在基因组上的分布情况，这些修饰与基因的活跃或沉默有关。

3. DNA甲基化研究：结合ChIP技术可以研究DNA甲基化对基因表达的影响。

4. 染色质结构和功能：研究染色质重塑对基因表达和细胞功能的影响。

5. 疾病相关基因的调控：研究疾病状态下基因调控网络的变化。

ChIP技术是表观遗传学研究中的一个重要工具，它可以帮助科学家们理解基因表达是如何在分子水平上被精确调控的。

Co-IP的实验步骤：

1. 细胞裂解：首先，细胞或组织被裂解，释放其中的蛋白质。

2. 抗体结合：然后，将特异性抗体（针对已知蛋白质之一的抗体）加入到裂解物中。这些抗体会特异性地结合到目标蛋白（诱饵蛋白）上。

3. 免疫复合物形成：抗体与目标蛋白结合后，形成免疫复合物。

4. 沉淀：接着，使用蛋白A或蛋白G结合的珠子（如琼脂糖或磁性珠子）来捕获免疫复合物。蛋白A或蛋白G能够与抗体的Fc部分结合，从而拉下抗体以及与之结合的目标蛋白和任何相关的相互作用蛋白。

5. 洗涤：捕获的免疫复合物被洗涤以去除未特异性结合的蛋白质。

6. 洗脱和分析：免疫复合物被洗脱并进行进一步的分析，如Western blot（WB）或质谱分析，以鉴定相互作用的蛋白质。

免疫沉淀的操作步骤？

免疫沉淀Co-IP实验中磁珠还是琼脂糖珠的选择取决于客户实验情况。

琼脂糖珠海绵状的结构 (直径 50-150 μm) 可以结合抗体 (继而结合靶蛋白) ，它能够直接高效、快速结合抗体，而不需借助特殊的专业设备。琼脂糖珠呈多孔结构，这使得它们拥有更大的表面积可与蛋白质相互接触，具有更高的结合载量。

与琼脂糖珠不同，磁珠是固体，抗体的结合限于磁珠的表面。磁珠 (直径 1-4 μm) 明显小于琼脂糖珠，尽管磁珠没有多孔中心增加结合能力，但每体积的磁珠数量比琼脂糖珠多，使磁珠拥有足够的抗体结合表面积满足高容量的抗体结合。

简而言之，琼脂糖珠的结合能力较强，而磁珠在得率，可重复性以及自动化方面有明显的优势。

免疫沉淀样本的制备。RIP免疫沉淀选磁珠还是琼脂糖珠

免疫沉淀RIP技术选琼脂糖珠还是磁珠？南京免疫沉淀实验原理

ChIP实验的基本步骤包括：

1. 交联（Crosslinking）：细胞被甲醛等交联剂处理，使得蛋白质和DNA之间的相互作用被固定，形成稳定的蛋白质-DNA复合物。

2. 细胞裂解：裂解细胞，释放染色质，同时保持蛋白质-DNA复合物的完整性。

3. 超声或酶解：通过超声或酶解将染色质切割成较小的片段，以便于后续步骤中的免疫沉淀。

4. 免疫沉淀（Immunoprecipitation）：加入针对特定组蛋白修饰或转录因子的抗体，这些抗体会特异性地结合到目标蛋白质上。

5. 捕获复合物：使用蛋白A或蛋白G结合的珠子捕获抗体-蛋白质-DNA复合物。

6. 洗涤：洗涤珠子以去除未特异性结合的蛋白质和DNA片段。

7. 逆转录交联：将捕获的复合物从珠子上洗脱，并进行逆转录交联，使固定的蛋白质-DNA复合物分离。

8. DNA纯化：纯化从免疫沉淀中得到的DNA片段。

9. 分析：通过qPCR、芯片分析（ChIP-chip）或高通量测序（ChIP-seq）等方法分析沉淀的DNA片段，以确定特定蛋白质在基因组上的结合位点。

南京免疫沉淀实验原理

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